Con el correr de los años y la adquisición del 60% del paquete accionario en 1999 por el grupo Perez Companc el foco del negocio se corrió hacia la comercialización tanto en el mercado local como en el externo de productos industralizados. Sus principales marcas son
Matarazzo, Granja del Sol, Lucchetti, Viennísima y Cocinero.
Sin embargo ahora la empresa presenta otra realidad. Durante el ejercicio cerrado el 31 de diciembre de 2006 facturó $4.300 millones de los cuales el 70% correspondieron a ventas de productos a granel (aceites, harinas y subproductos). En la misma línea el 74,4 % del total de la facturación ($3.200 millones) correspondió a exportaciones tanto de productos con marca como a granel y el mercado interno sólo significaron el 25,6% ($1.100 millones). Durante este este período obtuvo ganancias después de impuestos de $68 millones.
Durante 2006 Molinos exportó 3,7 millones de toneladas de pellet de soja y en la primera mitad del año alcanzó 1,7 millón de tonelas.
El año pasado exportó 806.000 toneladas de aceite de soja, lo cual significa un crecimiento de 400% respecto de las 191.000 de 2002.
En el ránking de los aceiteros Molinos ya se ubica cuarta, sólo detrás de Bunge, Cargill y AGD.
El grueso de la producción se realiza en el complejo que la empresa posee en la terminal San Lorenzo (Santa Fe), donde tiene una capacidad de molienda de 20.000 toneladas/día. Desde marzo de 2005 también poseen puerto propio en la localidad de San Benito (a 25 km al norte de Rosario) con capacidad de embarque de harinas de 2.800 toneladas/hora y de aceites de 600 toneladas/hora. Posee además una capacidad de almacenaje de harinas de 200.000 toneladas y de aceites de 50.000 toneladas.
La otra planta está ubicada en la localidad de Santa Clara, y su capacidad de molienda es de 3.000 toneladas/día. En este complejo tiene previsto instalar una planta de biodiésel. Ya tiene el visto bueno de las autoridades provinciales y será tanto para la producción de biodiésel en base a aceite de soja y colza.
Molinos Río de la Plata es un fuerte comprador en el mercado local, no sólo de granos (que los adquiere principalmente en la región pampena) sino que también se abastece de arroz, yerba y carne entre otros para suplir su demanda de producción de alimentos industrializados. Al mismo tiempo la compañía también realiza contratos con productores y también financia cosechas a través de sus sociedades de garantía recíproca (SGR) Avales del Plata y Garantías del Plata.
